Separando a influência da variação climática e da distância geográfica na estrutura genética da castanheira-do-Brasil na Amazônia brasileira
A genômica da paisagem estuda a distribuição geográfica da variação genética em escala genômica. O grande desafio é separar os efeitos do isolamento por distância (isolation by distance – IBD) e do isolamento por ambiente (isolation by environment – IBE) na diferenciação genética. Um delineamento am...
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2018-10-18 |
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A genômica da paisagem estuda a distribuição geográfica da variação genética em escala genômica. O grande desafio é separar os efeitos do isolamento por distância (isolation by distance – IBD) e do isolamento por ambiente (isolation by environment – IBE) na diferenciação genética. Um delineamento amostral inadequado dificulta a separação dos efeitos da distância geográfica e dos gradientes ambientais na estrutura genética e a identificação de regiões genômicas potencialmente envolvidas na adaptação local. O objetivo deste estudo é determinar o delineamento amostral mais adequado para estudar a genômica da paisagem da castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa) em toda a sua distribuição na Amazônia brasileira. O banco de dados inclui 51 potenciais pontos de amostragem. Estes foram comparados com dados de 489 localizações obtidas de um trabalho de modelagem ecológica. Para todas as 540 localizações foi feito o download de 19 variáveis bioclimáticas na plataforma Worldclim e excluídas as variáveis altamente correlacionadas (|𝑟| ≥ 0,70). Seis variáveis foram mantidas para análise das distâncias climáticas. Para cada variável, as distâncias geográficas e climáticas foram plotadas em gráficos de dispersão e histogramas. Todas as análises foram realizadas no ambiente computacional R. Nossos resultados mostram que o delineamento amostral de apenas 44 pontos amostrais é adequado para separar IBD e IBE, uma vez que toda a gama de possíveis distâncias geográficas e climáticas entre pares de populações estão bem representadas. Além do mais, os 44 pontos amostrais representam a ampla variação climática ao longo da área de distribuição da B. excelsa na Amazônia brasileira e serão amostrados para análises genéticas |
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a importância do delineamento amostral Separando a influência da variação climática e da distância geográfica na estrutura genética da castanheira-do-Brasil na Amazônia brasileira |
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Bertholletia excelsa Brasil Conservación ambiental Desarrollo sostenible Genómica del paisaje Medio ambiente natural |
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Bioversity Int. EmpBrasil-PesqAgrop. EmpBrasil-PesqAgrop. UFSC |
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Costa, Patricia Garuti, Giovana Martins, Karina Thomas, Evert Wadt, Lúcia Helena |
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A genômica da paisagem estuda a distribuição geográfica da variação genética em escala genômica. O grande desafio é separar os efeitos do isolamento por distância (isolation by distance – IBD) e do isolamento por ambiente (isolation by environment – IBE) na diferenciação genética. Um delineamento amostral inadequado dificulta a separação dos efeitos da distância geográfica e dos gradientes ambientais na estrutura genética e a identificação de regiões genômicas potencialmente envolvidas na adaptação local. O objetivo deste estudo é determinar o delineamento amostral mais adequado para estudar a genômica da paisagem da castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa) em toda a sua distribuição na Amazônia brasileira. O banco de dados inclui 51 potenciais pontos de amostragem. Estes foram comparados com dados de 489 localizações obtidas de um trabalho de modelagem ecológica. Para todas as 540 localizações foi feito o download de 19 variáveis bioclimáticas na plataforma Worldclim e excluídas as variáveis altamente correlacionadas (|𝑟| ≥ 0,70). Seis variáveis foram mantidas para análise das distâncias climáticas. Para cada variável, as distâncias geográficas e climáticas foram plotadas em gráficos de dispersão e histogramas. Todas as análises foram realizadas no ambiente computacional R. Nossos resultados mostram que o delineamento amostral de apenas 44 pontos amostrais é adequado para separar IBD e IBE, uma vez que toda a gama de possíveis distâncias geográficas e climáticas entre pares de populações estão bem representadas. Além do mais, os 44 pontos amostrais representam a ampla variação climática ao longo da área de distribuição da B. excelsa na Amazônia brasileira e serão amostrados para análises genéticas |
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